在专业方面，日本国立大学的设置也比较齐全。其中，既有东京大学、京都大学、东北大学、大阪大学等知名度高的综合性大学，也有小樽商科大学、京都工艺纤维大学、爱知教育大学等侧重某些专业的大学，更有北陆先端科技术大学院大学、政策研究大学院大学、奈良先端科学技术大学院大学等综合排名不高，但是某些具体专门专业代表了教育最高水平的学校。